主要临床症状包括严重头痛、恶心、高烧、全身乏力、感觉过敏。
主要可分为两种临床类型：
① 麻痹型，我国常见，潜伏期10-14天，起病急，高热，神经系统受损严重，主要症状有运动障碍和迟缓性麻痹，病程10-20天，病死率20-30％，未死亡病例中25-37％留有麻痹型后遗症。
② 双波热型，第一波热持续5-6天，经5-10日无热期后体温再次升高，持续7-9日，一般第二次发热时病症严重，可出现脑膜刺激征，病人预后良好，病死率3％左右，几乎无转为慢性和后遗症情况。
同时对收治的森林脑炎患者进行研究表明无症状的隐性感染者（约占一半，45.7%），仅有低热、头痛、食欲不振的轻型患者约占1/4，突发高热、颈强直、抽搐、昏迷甚至死亡的重型患者约占一半。
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